Гэндзюцу
Техники, которые используют чакру нервной системы жертвы для создания иллюзии; в основном передовое интеллектуальное ниндзюцу. Те кто располагает особыми навыками, как например Ширинган клана Учиха, или высоким интеллектом, могут исполнять и противостоять гэндзюцу, поскольку внимание является основным ключём техник этого типа. Простейшие гэндзюцу представляют собой создание иллюзий для слуха, осязания, зрения, вкуса и/или обоняния жертв. Другими словами, гэндзюцу воздействует на пять чувств, хотя существуют и другие его проявления. Ниндзя, находящиеся под влиянием техник иллюзий, застывают на месте или теряют сознание, что зависит от способности узнавать и защищаться от них.

Жертва, используя собственную чакру для прерывания её потока, может прервать гэндзюцу; эта техника называется Остановка Гэндзюцу (яп. 幻術解 Гэндзюцу Кай?). Если же синоби не в силе отменить гэндзюцу, внешняя интенсивная боль может вывести его из этого состояния, как показано в сражении между Шикамару Нарой и Таюйей (Шикамару с помощью своей тени ломает себе палец, чтобы выйти из Демонической Иллюзии Флейты Таюйи). Кроме этого жертве может помочь посторонний ниндзя, приостановив циркуляцию чакры физическим контактом.

Чакра
Основа даже самого элементарного дзюцу — это смесь духовной энергии и энергии, присутствующей в каждой клетке тела, полученной благодаря тренировкам и жизненному опыту. Соединив их, смесь можно направить через систему циркуляции чакры (которая аналогична системе циркуляции крови) к любому из 361 выхода (яп. 点穴 тенкецу?) на теле человека. Это происходит благодаря различным методам, из которых самый используемый — это особое положение пальцев и кистей рук, дающее возможность управлять чакрой и добиваться эффектов, которые иначе не были бы достигнуты (например, ходьба по воде).

В зависимости от соотношения смешанной физической и духовной энергии, могут быть сформированы различные типы чакры. Простейшая чакра, использующаяся для фундаментальных дзюцу — самый распространённый продукт этого. Кроме того, чакра большинства ниндзя включает в себя элемент одной из пяти природных стихий (по очереди: огонь, ветер, молния, земля и вода), хотя были случаи, когда такой обладатель имел возможность создать второй компонент, отличный от собственного. Каждый элемент превосходит по силе последующий и слаб против предыдущего (например, ветер слаб против огня и эффективен против молнии). Вдобавок, каждой стихийной технике может противостоять равное или более мощное дзюцу с таким же элементом.

Немногие кэккэй гэнкай через смесь основных стихий могут создавать уникальные элементы, типа дерева (земля+вода) или льда (ветер+вода). В тоже время, некоторые ниндзя, овладевшие двумя типами чакры, не в состоянии объединить их. Также Ямато упоминает о светлой и тёмной чакре, но не уточняет, для чего они нужны.

Техники проклятой метки
Дзюцу, использующие особую 'проклятую печать', чтобы взять кого-либо под контроль или добиться неестественных эффектов в подвёргшемся техники Шиноби.